Гейдар Гаджи Наджаф оглы Гусейнов родился 3 апреля 1908-го года в районе Тепебаши Иревана в семье купца Гаджи Наджафа Кербелаи Гусейн оглы и Мешади Гюльсум. Он был младшим из шести детей в семье. Вскоре после рождения Гейдара умер его отец. После того, как его старший брат Юсиф был убит армянскими бандами в 1918-ом году, его семья переехала сначала в Батум, затем в Ставрополь, а в 1920-ом году – в Баку. Гейдар Гусейнов вырос под опекой старшего брата и матери.

Гейдар Гусейнов продолжил образование в школе № 18 в Баку. После окончания в 1931-ом году Азербайджанского Государственного Университета работал в различных сферах: учителем в средней школе, научным сотрудником Издательского Комитета Азербайджанской Энциклопедии (1936), там же ученым секретарем (1937). В 1938-ом году Г.Гусейнов был назначен директором Института Энциклопедии и словарей. В этот период его книга «Философские взгляды М.Ф.Ахундова».

Более удачным для ученого стал 1939-ый год. В том же году он был избран членом ученого совета Тбилисского Университета защитив диссертацию, посвященную философскому наследию М.Ф.Ахундова, получил ученую степень кандидата философских наук. Были изданы его книги «Диалектический материализм», «Диалектика и метафизика», «Русско–азербайджанский словарь». Также он был избран доцентом кафедры  «Диалектический и исторический материализм».

В 1940-ом году Г.Гусейнов был награжден орденом «Знак Почета». В то время он был заместителем председателя, а с 1944-го года – председателем азербайджанского филиала АН СССР. Выдающийся философ, получивший в 1944-ом году ученую степень доктора философских наук, год спустя стал одним из первых действительных членов Академии Наук Азербайджана. В эти годы были изданы книги плодовитого ученого «Философские взгляды Ахундова» (1942), «Поэт-патриот Самед Вургун» (1942), «Азербайджанская интеллигенция в дни Отечественной войны» (1944), «Литературные заметки» (1945) и другие. Он также был одним из редакторов «Истории азербайджанской литературы» (Тома 1-2; 1943–1944).

Высочайшей вершиной творчества Г.Гусейнова этого периода стал его «Полный русско-азербайджанский словарь», составленный вместе с М.Мирбабаевым и А.Оруджевым (1940–1946). В 1943-ем году, когда еще не вышел из печати 4-й том словаря, академик И.Мещанинов назвал его «Величайшим среди русских национальных словарей» и высоко оценил труд азербайджанских ученых. За эту работу он был удостоен звания лауреата премии «Сталин» (впоследствии Государственной премии СССР).

В 1946-ом году Г.Гусейнов опубликовал книгу «Общественные взгляды Низами», в 1950-ом году – «Выдающийся азербайджанский ученый А.A.Бакиханов» и «Из истории общественной и философской мысли в Азербайджане XIX века».

Несмотря на вознаграждение за научную деятельность Гейдара Гусейнова, против него в руководстве республики началась нетерпимость, в мае 1950-го года на заседании Бюро ЦК КП Азербайджана его книга «Из истории общественной и философской мысли в Азербайджане XIX века» подверглась серьезной критике. Его обвинили в пропаганде мюридизма и осуждении суфизма, исследования кавказской философской мысли 19-го века, и лишили государственной премии. Не вытерпев гонений и оскорблений, академик Г.Гусейнов покончил жизнь самоубийством 15 августа 1950-го года.

Выдающийся ученый долгие годы занимал четыре большие должности. Он был вице-президентом АН Азербайджанской ССР, заведующим отделом общественных наук Академии, заведующим кафедрой философии АГУ, директором Азербайджанского Института Истории Партии, а также депутатом Верховного Совета Азербайджанской ССР и Бакинского Городского Совета Депутатов Трудящихся.

В 2008-ом году 100-летний юбилей академика Гейдара Гусейнова был отмечен на высоком уровне во всех уголках республики.